или проще обойтись отдельными скриптами
Может быть и не проще, но вернее. С переходом на PHPNuke утеряешь возможность модифицироваить и адаптировать сайт под свои более или менее конкретные нужды.
Сайты сделанные на PHPNuke можно определить даже по тому как они выглядят.