Я как-то видел такое: при тех же настройках FTP-клиента на одном хосте .htaccess были видны, а на друом так же же "исчезали" - там, где хостер не разрешал их использовать. Правда, как это сделано, не понимаю. Знаю, что они не удалялись какой-либо прграммой, т.к. закачанный файл с единственной инструкцией "ErrorDocument" исчез, но успешно работал.