Я вообще плохо представляю себе, как именно ты считаешь сумму. По приведенному тобой примеру, у тебя сумма есть просто значение одного поля, умноженного на два (в силу причин, о которых я писал выше), так как mysql_fetch_array возвращает массив из данных только одной записи, а не всех выбранных в целом. Значит тебе в любом случае нужно использовать цикл.
Другое дело, что ты можешь сделать все это в запросе MySQL
$query = "SELECT SUM(b.quantity), SUM(s.quantity) from cap_buy b, cap_sell s where b.cap = \'$cap\' OR s.cap = \'$cap\'";