Не знаю куда вставить этот сабж, больше подходит сюда.
Подсажите прогу, которая бы просто сверяла локальные и удаленные файы и заменяла сама более старые и при этом могла бы посылать произвольные команды серверу и т. п.
Коммандер и КутФТП не предлагать, они не могут этого в полной мере.