ИМХО, дело обстоит так:
Один скрипт типа приличного форума или продвинутой гостевухи использует одну базу. Значит, если есть ограничение на количество баз, то волей-неволей придется эти скрипты интегрировать чтобы они использовали одну базу. Конечно, если их больше, чем баз. И мне кажется, что приличный проект просто обязан быть цельным.