сначала таблицу создай
mysql_query("CREATE TABLE my_table (
id varchar(32) NOT NULL default \'\',
data1 varchar(32) NOT NULL default \'\',
data2 varchar(32) NOT NULL default \'\',
data3 int(10) NOT NULL default \'0\',
PRIMARY KEY (id)
);");
while(...fgetcsv...) {
...
mysql_query("insert into my_table values(\'$id\', \'$data1\', \'$data2\', \'$data3\')");
}