Ни по одному из этих вопросов, на мой взгляд, однозначного ответа дать нельзя. Все зависит от конкретных задач и "степени криворукости"
1. Что быстрее выполняется 1 большой файл, или несколько маленьких? конечно при постоянной "степени криворукости" программёра.
См. выше. Обычно дело все-таки не в размере файла скрипта, а в его структуре.
2. Чем меньше подключишь модулей, тем лучше? (т.е. обрабатывать данные в ручную)
Я бы сказал, всегда нужно искать золотую середину: зачастую намного эффективнее предпочесть стандартным модулям собственный код, написанный под эту конкретную задачу. Многое зависит и от самого прораммера; я, например, очень люблю изобретать велосипеды - но это я ни в коем случае
никому не навязываю.
3. что лучше прописывать всё в программе или подключать собственные модули?
Часто используемые функции и т.п. ИМХО конечно стоит выносить в отдельные пакеты и модули.
Если в чем не прав, надеюсь, меня поправят...