Как делаются ссылки вида www.site.ru/?id=...

А правда, как? Имя скрипта в них не указывается.
Через .htaccess или для этого надо иметь доступ к конфигу Апача?
Расскажите пожалуйста.

[Britva]

здесь подразумевается индексный файл, и все
типа index.php, index.html, index.phtml, default.asp и т.п.

[ЖеньКа]

а в этом индексном через условия вставляются различные инклюды - откуда и идёт это ИД равное чему либо

[Dm]

примечание: вызывается скрипт, который указан в директиве DirectoryIndex