Просто без комментариев код труднее понять заказчику, чтобы потом его изменить. Следовательно придется снова обращаться и возможно денюжку платить.
Не не компилируют скрипты на перле, так хоть комментарии можно вырезать!
А вообще, я сторонник того, чтобы движок(скрипт, код) продавать с комментариями. Так для заказчика лучше.