Была такая проблема (на виндовом сервере).
Вопрос решился без переписывания mysql_query на mysqli_query.
Проблема насколько помню была в несовместимости .dll.
(Решал это дело админ, но он уже не помнит какие именно .dll и где их менял).
Возможно ответ на Ваш вопрос
находится здесь .
