Сделай это на JavaScript, создай кнопку "добавить форму" а дальше с помощи JavaScript вставляеш еще элемент, поможет .innerHTML
начальный кусок html
<div id="file_1">
<input type="file" name="file1">
<div id="file_2"> </div>
</div>
<input type="button" ..... >
затем в JavaScript
str=\'<input type="file" name="file\'+x+\'">\';
str+=\'<div id="file_\'+(x+1)+\'"> </div>\';
document.getElementById("file_"+x).innerHTML=str;
где x у тебя сколько элементов у тебя добавлено.
P.S. а папку целиком это возможно но чтобы использовать те библиотеки нужно чтобы каждый пользователь настраивал себе браузер и так далие....