Claster, не совсем понятен вопрос.
Ты из сценария запрашиваешь у сервера какую-то страницу и хочешь чтобы javascript на той самой странице выполнился?
Если так, то этого не будет, т.к. js в данном случае — клиентский язык и выполнять его должен клиент - т.е. твой сценарий.