1 индекс. Мне трудно спорить, я еще новичек, но... Если крепить данные со структурой, то нужен уникальный индекс. Обычно он и бывает первичным, чтобы точечные запросы происходили быстрее. Потом 2 индекса левой и правой ганицы и, как я понимаю, уровень aka level. Если я все правильно расписал, то было бы гораздо удобнее поставить еще индекс и по уровню, хотя я могу ошибаться...