один из методов, вместо функции mysql_query использовать самописную функцию, my_mysql_query (в которой делать подсчет запросов и время работы запроса :
 // псевдокод
function my_mysql_query($sql, $conn) {
    ... // получаем текущее время
   /// делаем запрос
   $res = mysql_query($sql, $conn) or die(mysql_error());
    ....// получаем второе время и находим разницу
    $GLOBALS[\'mysql_queries_amount\']++; // увеличиваем счетчик запросов
    $GLOBALS[\'mysql_queries_time\'] += <разница во времени>; // увеличиваем общее время работы запросов
    return $res;
}
....
$mysql_queries_amount = 0;
$mysql_queries_time = 0;
....
$res = my_mysql_query($sql,$conn);
....
$res = my_mysql_query($sql,$conn);
echo "Сделано запросов ".$mysql_queries_amount."
";
echo "Вопросы выполнены за ".$mysql_queries_time." секунд";
примерно так.