Пример my.ini (или my.cnf - без разницы) входит в любой дистрибутив мускуля под именами my-huge.cnf, my-large.cnf, my-medium.cnf и my-small.cnf.
Берешь себе, к примеру, my-medium.cnf, меняешь в нем то, что посчитаешь нужным, а потом сохраняешь в C:\\my.cnf или C:\\WINDOWS\\my.ini
Вроде так, но может что забыл.