Проблема следующая:
Пользователь делает upload jpg-файла на сервер. Следующий его шаг - тыкнуть курсором на картинку, получить координаты этого места (это делается на JS или нет?). Далее php-скрипт обрабатывает координаты и создает маленькую картинку с центром в этих координатах. Это делается ТОЛЬКО с помощью GD или еще что-нибудь нужно?