Что за программа? Если она должна обрабатывать информацию на сервере и возвращать результат, то можно, для этого существует CGI. А если ты хочешь, чтоб происходила инсталляция программы напрямую с сервера, то пользователь должен сначала скачать все файлы, а потом запускать setup локально. Для этого запихни программу в архив и дай линк на него.
