Js там не используется, тут ты прав. Чтобы JS исполнялся, нужен интрепретатор java script, а он встроен в броузер.
Скрипты, которые исполняются в папоче cgi-bin, можно писать на чем угодно, главное, чтобы можно было запустить. Как правило их пишут на Perl, реже на C,C++, совсем редко на tcl или ruby.. ну и так далее. Но в основном на Perl.