Чтение директории например, с правами все нормально.
Может есть механизм, запрещаюший это в Apache,
если нету FancyIndexing, а php скрипт пытается прочесть содержимое Documenrootа ,то типа он идет нафиг. Или что-то в таком духе.
error_reporting (1024) .