> Теперь сам вопрос - какая команда уменьшит его
никакая. Место резервируется заранее.
Т.е. с нуля, без таблиц, оно будет тоже занимать 100 метров.
Optimize для InnoDB нет, пока они рекомендуют время от времени конвертить таблицу в MyISAM в InnoDB, или делать дамп таблиц, прибивать их а потом восстанавливать. Но данные процедуры будут оптимизировать внетреннее хранение таблиц, на размере ibdata оно никак не отразиться по причине см. выше.