А какие права должны быть у indexer.txt ?
Какие бы не давал, все время
а какие права на папке скрипте?
Можно попробовать поставить ему принудительно 777
находим такой код (со строки 95)
#SAVE %INDEXER
open (INDEX, ">indexer.txt");
flock (INDEX, 2) if $use_flock;
map {print INDEX "$_:$indexer{$_}\\n"} keys %indexer;
close INDEX;
И после этого куска кода вставляем:
chmod 0777, \'indexer.txt\';