в этих файлах .htm есть вызов перл-скриптов exec cgi=.....
Уточни, пожалуйста, "в этих" - это в каких? Если в тех, которые в папке "ssi", то такое не будет работать.
А вообще, если в двух словах...
Чтобы разрешить SSI в .htaccess пишешь:
Options +Includes
Чтобы определить, файлы с какими расширениями содержат SSI-директивы пишешь так (расширения через пробел):
AddHandler server-parsed .shtml
А вот в .htaccess, который находится в директории с CGI-скриптами, должно быть написано:
Options +ExecCGI
AddHandler cgi-script .pl
(или др. расширения)