1) [самое главное] сохранится ли возможность юзать уже установленные модули (которые ставили естественно отдельно)
Как ставить собираетесь? rpm-кой? Тогда все (с вероятностью 90%) будет Ок. Но я бы советовал с чистого листа установить. Это не долго, модули подключить, поверь.
2) Чем плохим такой upgrade грозит
Ничем. Смотри changelog.
For all:
Do not install the ActivePerl RPM on Red Hat Linux 8.0.
A bug in the current Red Hat distribution may corrupt the RPM database. Instead, use the tarball distributions of ActivePerl (.tar.gz).
Я на эти грабли наступал. Будьте внимательнее. Удачи.