Смотря какие задачи решать.
Лучше знать и то и другое.
Для веба, ИМХО, удобнее РНР, особенно в связке с мусклем, но системные скрипты я все на перле пишу. Так быстрее получается.
И субъективные тесты показали, что перл немного быстрее. Правда на юниксовой машине.