См. CGI::Cookie
Пример оттуда
use CGI qw/:standard/;
    use CGI::Cookie;
    # Create new cookies and send them
    $cookie1 = new CGI::Cookie(-name=>\'ID\',-value=>123456);
    $cookie2 = new CGI::Cookie(-name=>\'preferences\',
                               -expires =>  \'+1H\',
                               -value=>{ font => Helvetica,
                                         size => 12 } 
                               );
    print header(-cookie=>[$cookie1,$cookie2]);
    # fetch existing cookies
    %cookies = fetch CGI::Cookie;
    $id = $cookies{\'ID\'}->value;
    # create cookies returned from an external source
    %cookies = parse CGI::Cookie($ENV{COOKIE});