Напиши простой скрипт аплоадинга без всего лишнего и определи, закачивается ли файл. Для начала просто аплоадинг с записью в файл. Если работает, модифицируй до копирования в БД и посмотри чем файл из БД отличается от исходного файла.
ЗЫ
Ты же не думаешь что сейчас все кинутся твой код проверять
ЗЗЫ
Перекодировка апачем выключена?