Да, конечно. С мускул легче общаться. Создал пару таблиц и готово, а с файлами надо еще думать в каком формате хранить инфу и как ее потом удобно и быстро читать. То что по скорости из всех скул-СУБД муСКУЛ одна из самых(если не самая) быстрых - это абсолютная правда(ради скорости муСКУЛ лишили некоторых продвинутых возможностей, обычно присутствующих в профессиональных СКУЛ-СУБД).
В принципе на современных серверах использование мускул оправдано, т.к. особой разницы в скорости на них не наблюдается. Но крайне не рекомендую делать на мускул такие скрипты, как чаты и т.п. На нормальном бесплатном хостинге тебя сразу выкинут за такие проделки. Лучше незаметно работать с файлами, нагрузка на сервер гораздо меньшая. А для совместного доступа к файлам есть такая штука, как flock(). Найдешь в мануале. А вот в мускуле из-за отсутствия полноценной поддержки транзакций(скорость бы прилично замедлило) тоже возможны проблемы с совместным доступом, и даже наверное более сложные чем с файлами.
Но это были мои скромные рассуждения... А сам я, признаюсь, использую мускул и файлы сразу
...