Так что проблемы в апаче нет вообще.
может, я с апачем мало знакома
тогда с PHP или чем он там пользуется ...
но уверена на 99,99% , что это не проблема не MySQL сервера ...
У него виндовозный MySQL сервер, который компиляется со всеми возможными кодировками и это сообщение генерится клиентом, а не сервером. Сервер посылает клиенту информацию о том, какой character set использовать, если клиент скомпиляли без поддержки этого charset\'a и возникает подобная ошибка.