Закачиваешь содержимое файла в массив (@aa), передаешь cодержимое массива в другой массив (@bb),ведешь счетчик строк, если номер строки (@aa) равен 3, то пропускаешь ее. Вот и все. А потом очищаешь содержимое предыдущего файла и закачиваешь в него содержимое @bb.