Небольшой тест. Динамического сайта у меня нет, поэтому проверялось на статике. 837 файлов, 40 Мб (много больших текстовых файлов).
При индексации напрямую с диска - 1 мин 37 сек
При индексации через вебсервер - 2 мин 00 сек
То есть, даже в этом случае (совсем немного статических файлов) запрос файлов через вебсервер (локальный) занимает значительно больше времени. Естественно, при индексировании динамического сайта разница может быть в несколько раз больше.
ЗЫ Я сомневаюсь, что другие скрипты будут быстрее. Разве что Яндекс купить...