я не знаю, мне кажется, это не очень хороший путь, не красивый, но зато у меня стопроцентно работает:
у меня есть функция, которая генерирует имя файла для текущей страницы на основе имени относительно моей корневой директории, и везде, где идет обращение к страницам (в т.ч. инклюдом) из других директорий ее использую.
то есть как раз получается - везде абсолютные пути
и никаких проблем никогда не было, и не надо думать о том, как прописывать пути