А если так:
перед открытием файла проверяем существует ли файл lock, если нет, то создаем lock, смело открываем рабочий файл и работаем, если существуем, то ждем секунду проверяем снова.
После завершения работы с файлом удаляем lock.
Т.е. если lock существует, то значит на файле стоит блокировка - с ним работают. Если нет, то нет блокировки. Конечно не лучший вариант 

 но простенько. Стоит добавить проверку срока жизни lock - мало ли, программа до конца не доработала и старый lock Не удалили (т.е. 5мин жизни файла хватит. Если старше, то  его  стоит удалить).
#!/usr/bin/perl
#not flock()
my $lock=\'lock.lock\';
#Существет ли Lock
while(-e $lock){
   $i++;
   if ($i==$time_limit){die("Can not flock file - time limit out");}
  sleep 1;
 }
#Создаем файл Lock
open(LOCK, ">$lock")||die("Can not open file: $!");
close LOCK;
#Работаем с данными
open(FILE, ">file.txt")||die("Can not open file: $!");
print FILE $something;
close FILE;
#Удаляем Lock
unlink $lock;
На PHP это также можно сделать.