некоторые хостинги поддерживают вызов скриптов перл только с директивой -w об этом должна быть документация или инструкции у хостера
запускать скрипты перл с правами рут мне кажется не совсем правильно
если проблема с хостингом тогда я не понимаю почему тема *как запустить скрипт от имени владельца или другова юзера?*