andymc, идею понял, попробовал. Результат тот же.
Видимо действительно индексы рядов смещаються. Даже при принудительной установке индекса deleteRow глючит. Видать это какой-то баг ф-и DOM-а в самом Javascript. Еще заметил, что чем больше рядов в таблице, тем больше их остаеться после прогона через deleteRow.
Если б это еще обойти можна было?..
Пока думаю над альтернативой: поместить таблицу в DIV или SPAN, и удалять всю таблицу путем innerHTML. Правда потом придеться таблицу заново "рисовать", а это уже значительно трудо- и ресурсо-емней:(