Просто надо было правильно найти элементы формы
<a href="#" onclick="document.forms[\'instock\'][\'categoryID\'].value=\'12\'; document.forms[\'instock\'][\'sort\'].value=\'name\'; document.forms[\'instock\'].submit(); return false">Submit</a>
<form name="instock" id="instock" method="get" action="form.php">
<input type="hidden" name="sort" />
<input type="hidden" name="categoryID" />
<input type="checkbox" name="checkstock" value="checked" />
</form>