Скачивание файла размером 20-30 КВ занимает 15 минут, а закачка его обратно на сервер - 15 секунд. Возможно, надо что-то изменить в настройках программы? Использую CuteFTP 4. Главное, при этом файл портится.
И еще: можно у нее увеличить тайм-аут, а то очень быстно теряется соединение.