Alex111
Если include:
путь раз - ставить в мастер-скрипте переменную, и проверять ее наличие в подключаемом
путь два - парсить соотв серверные переменные на предмет наличия в них, скажем, "index.php"
путь три - если подключаются только файлы опр типа (напр., .php), то можно прописать в .htaccess инструкции, пересылающие все запросы типа *.php на определенный урл
[off]Можно (четвертым) еще грамотно поиграться с правами на файлы (что, конечно, правильнее!), но это зависит от хоста и от прямоты рук.[/off]
А вообще, ты определись: тебе надо файлы инклюдить или напрямую отдавать посетителю. Соответственно, есть разные решения.