Да нет, создаются нормально... Проверил в 3-х других браузерах...
Проблема оказалась в том, что на server.ru уже были куки с таким же именем, что создались и на vasya.server.ru...
Все браузеры нормально с этим работают, а вот IE 6.0.280 SP1 берет кук не с домена 3-го, а с домена 2-го уровня...