Открывайте download.php с параметром, например: download.php?file=1
В самом скрипте создайте массив:
$files[0] = "file.zip";
$files[1] = "file1.zip";
Далее скриптом отсылайте header`ы
header(\'Content-type: application/zip\'); // либо другой контент-тайп, в зависимости от типа файлов, которые загружает пользователь
header(\'Content-Disposition: attachment; filename="\'.$files[$_GET[\'file\']].\'"\');
И выдавайте файл пользователю:
readfile($files[$_GET[\'file\']]);
В параметре лучше указывать именно номер, сассоциированый с файлом в недоступном для пользователя месте, а не название, как часто делают.