Если последняя строчка будет в файле, то при твоём алгоритме она будет и при выводе, понятно же...
Либо исходный файл должен быть без этой строчки либо слегка поправить код.
Не очень красиво убирание шапки можно сделать заменив
while ( ! feof( $fp ))
{
$line = fgets($fp, 1024);
на
$cnt = 0;
while ( ! feof( $fp ))
{
$line = fgets($fp, 1024);
if ( 0 == $cnt++ ) { continue; }