Я в обоих случаях на экране броузера хочу видеть букву "я", т.е. в хтмл-коде будет "& #1103;". В случае print "& #1103;" так и будет.
А если передавать через функцию, модуль Перла CGI.pm считает себя умным, думает, что я хочу вывести именно эти символы, и в хтмл-коде получается "& amp;#1103;", а на экране "& #1103;".
(везде после амперсандов пробелов быть недолжно),