во-первых
запись вида <?date(...);?> ничего не выводит в броузер.
Вывод делается с помощью echo.
Во-вторых
у тебя были строки :
var now=new Date();
var hour=now.getHours();
var min=now.getMinutes();
var sec=now.getSeconds();
в яваскрипте у тебя используются только переменные
hour, min, sec. Про переменную now можешь забыть.
Тебе в пхп надо вставить текущий час, минуту и секунду:
var hour=<? echo ... ;?>; // сюда вставляешь текущий серверный час
var min= <? echo ... ?>; // сюда минуту
var sec= <? echo ... ?>; // сюда секунду