Во-первых, я не закачиваю никаких текстовых файлов, я закачиваю сам скрипт, а потом скачиваю созданный им файл и вижу, что он оказался в одну строку. Во-вторых, у меня не работает FTP, т.к. я под прокси, поэтому работаю через файловую панель у провайдера, а она не позволяет установить тестовый или бинарный режим для закачки.
Возможно, это как-то связано с тем, что у меня Win, а на хостинге Unix, но я вроде бы конвертировал скрипт в Unix-формат (т.е. концы строк).