Не очень понятна задача, но я бы сделал без регекспов
if ( substr($str,0,1) eq \'.\' and substr($str,1,1) eq \'.\') {
     substr($str,0,2) = \'\';
} elsif ( substr($str,0,1) eq \'.\' ) {
     substr($str,0,1) = \'\';
} else {
     $str = \'--\';
}
Какой должен быть результат если 
my $str = \'..lala\';
и если
my $str = \'.lala\';
?