Green Kakadu ID генерируются через AUTO_INCREMENT соотв. могут на двух базах не совпадать.
А нельзя ли при конвертации сначала делать список существующих ID, а потом если определённый ID отсутствует добавлять вместо статьи какое-нибудь общее сообщение (вроде "статья отсутствует")?
Т.е., к примеру, есть статьи в старой базе с ID 1, 5, 6, 7, 8, 10... — при конвертации добавляем в базу сначала первую, затем вместо отсутствующих 2-й, 3-й и 4-й добавляем какое-то сообщение по умолчанию, затем 5-8, вместо 9-й снова значение по умолчанию и т.д.
Так новые ID будут совпадать со старыми (а после конвертации можно будет удалить все несуществовавшие статьи)