возьми тот список, вставь в какой нибудь текстовый редактор с поддрежкой макросов и запиши макрос который из текста типа
Регион1 Город1
Регион1 Город2
сделает тебе SQL запрос
INSERT INTO region (name) VALUES(\'Регион1\');
INSERT INTO city(name, region_id) VALUES(\'Город1\', LAST_INSERT_ID());
Иногда LAST_INSERT_ID() не помогает, тогда можно запихать ид региона во временную переменную и ее прописывать во втором запросе.