Читаем файл в массив функцией [p]file[/p], циклом [p]foreach[/p] перебираем весь массив, проверяя элементы массива на совпадение с нужной строкой функцией [p]strstr[/p] или [p]stristr[/p], удаляем совпавшую строку из массива функцией [p]unset[/p], собераем массив в одну строку функцией [p]implode[/p] и сохраняем эту строку в свой файл при помощи функций [p]fopen[/p], [p]fwrite[/p] и [p]fclose[/p].