Не нада яваскриптов. Для определения, появился ли пользователь используются сессии, рассказывать о них долго и нудно, почитай сам.
Когда первый ждёт, его броузер каждые 20-30 секунд обновляет страницу, при этом на сервере происходит проверка, создана ли сессия второго пользователя. Если да - начинается опрос.
В общем, для начала, тебе нужно освоить http-сессии.