PHP-nuke - это не шаблонизатор, а content-management system, написанная настолько кривыми руками, что ее проходят в школе для самых маленьких хакеров.
Шаблонизатор - это совсем отдельная тема. Больше читай, меньше пей, и тогда узнаешь, что это такое.
Для того, чтобы легко сменить дизайн, совсем необязательно запихивать вест сайт в один файл.
Вполне можно инклюдить не скрипты в дизайн, а ИНКЛЮДИТЬ ДИЗАЙН В СКРИПТЫ. получится в сто раз гибче и удобнее.
то есть ответ на твой вопрос таков:
index.php?ключ - такая система плоха вообще для любого сайта.
передавать скрипту в командной строке надо ТОЛЬКО ссылки на ДАННЫЕ. Если в файле есть хотя бы строчка пхп-кода, то этот файл надо оставлять отдельным, и ссылаться к нему напрямую.
Шаблоны - ногие считают, что это хорошо, но, увы, немного людей могут внятно написать о шаблонах нормально.
Все больше - очень недалекие типы, как тот, который написал тебе о "легкой смене дизайна".
Если бы я любил шаблоны, я бы о них хорошо написал.
но я считаю их излишними.
так же считает и спектатор, к примеру
http://spectator.ru/technology/php/easy_templatesА вот другая статья, уже про шаблоны и про их пользу.
http://eugene.net.ru/other/php/portal/intro.phpвыбирать тебе.
Но в обоих способах менять дизайн - одинаково просто.
В обоих способах контроль действий пользователей к структуре построения сайта отношения не имеет. Разве что, система с запихиванием потенциально более дырява.
В обоих способах попытки формалирзовать набор разделов на странице выльются в горы неоптимального кода.