Да.
я тут как-то описывал эту структуру.
весь дизайн - в двух или там одном, или больше - файлах, которые инклюдятся в скрипты - разделы сайта.
На самом деле это позволяет не только избежать всяких лишних кодов по разбору адресной строки, которая и выглядеть начинает эстетичнее, но, самое главное - позволит избежать многих проблем в дальнейшем.
вообще, обычно, сам я подключаю (при обычной, табличной верстке) три файла.
1 - с настройками.
2 и 3 - хтмл до ячейки с контентом, и после.
меню обычно лежит в номере 2.
само он может быть и автоматизированным и от руки написаным, но главное, что лежит оно в одном-единственном файле.